经过多年发展和建设，学院现着力开展畜禽重要疾病防控、人兽共患病和食品安全源头控制、动物重要疾病发病机理与宿主响应、畜禽抗病育种和营养调控等四个重点领域方向。近五年来，学院先后承担国家重大科技专项、国家科技支撑计划、国家重点研发计划、国家自然科学基金等国家级、部省级科研项目200多项，年均到账科研经费超5000万元；获得国家技术发明奖、国家技术进步奖各一项，获其他国家级、部省级科技成果奖10余项，获批新兽药证书9个，申请发明专利260余项，获授权国际发明专利6项、国家发明专利70余项；发表论文1000余篇，其中SCI论文800余篇，在Nature Microbiology、Nature Communications、Cell Reports、Advanced Science等顶级期刊发表论文10余篇