学院现有兽医学一级学科博士学位授予权，设基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学、兽医生物信息学、人兽共患病学、兽医公共卫生学、实验动物与比较医学7个二级学科博士学位授权点，有基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学、动物学、微生物学、兽医生物信息学、人兽共患病学7个硕士学位授权点，有兽医博士、兽医硕士专业学位授予权，并设有兽医学博士后流动站。兽医学是江苏省重点一级学科、江苏省一级学科国家重点学科培育建设点、江苏高校优势学科建设工程建设学科，其中预防兽医学为国家重点学科。微生物学和动物学为扬州大学重点学科。拥有江苏省产学研联合培养研究生示范基地。传染病学与预防兽医学学科被教育部、科技部联合表彰为“全国高等学校先进科技集体”，预防兽医学学科被人事部、教育部授予“全国教育系统先进集体”荣誉称号。

　　本学科自上世纪五、六十年代开始，以我国著名兽医微生物学家方定一教授为代表的老一辈专家做出了开创性工作，在国际上第一个发现并分离出“小鹅瘟病毒”，成功研制有效防控方法，开辟了一条生物学防治疫病的新途径。上世纪八十年代以来，以刘秀梵院士为代表的学科团队，不断开拓创新，在禽流感、新城疫、禽白血病、传染性法氏囊病、马立克氏病等重大家禽疫病防控方面开展了卓有成效的研究，科研成果转化取得巨大的经济和社会效益。经过几十年的优化调整，不断凝练拓展学科领域，促进学科的交叉融合，形成了畜禽重要疫病流行规律和防控新技术、动物疫病病原体致病与免疫机理、人兽共患病与食品安全、动物营养代谢病和中毒病防控新技术、动物转基因制药与比较医学等5个优势突出、特色鲜明的学科研究方向。同时，学科积极为我国兽医行业及相关产业发展提供决策咨询，为我国兽医行业产业转型升级、家禽健康生态养殖和绿色食品安全提供了重大关键性技术支撑。

　　扬州大学兽医学科是国内最早培养兽医本科和研究生的学科之一，目前兽医专业是中国校友会网发布中国六星级学科专业，标志跻身中国顶尖学科专业。先后获得全国百篇优秀博士学位论文3篇（全国兽医学科共7篇，占43%），也分别是我国预防兽医学科和临床兽医学科获得的第一篇全国优秀博士学位论文。在第二、三轮教育部学科评估中，本学科人才培养质量均名列全国第一。在教育部第三轮学科评估中，作为省属高校的扬州大学兽医学科排名全国第四；植物与动物科学领域的ESI排名进入全球前1%，兽医学科起着关键作用；刘秀梵院士连续三年入选免疫和微生物学学术领域中国高被引学者（Most Cited Chinese Researchers）榜单，并在2015年入选世界兽医家禽协会荣誉堂（自1955年设立荣誉堂以来，全球共入选61名，仅有3名中国科学家入选），凸现出扬州大学兽医学科的国际影响力。