近年来，学院围绕动物健康与食品安全国家重大需求和学科前沿，形成了畜禽重要疫病流行规律与防控、动物疫病病原体致病与免疫机理、人兽共患病与食品安全、动物营养代谢病和中毒病防控、实验动物与比较医学等5个特色鲜明的学科研究方向。

近五年来，学院先后承担国家重大科技专项、国家科技支撑计划、国家重点研发计划、国家自然科学基金等国家级、部省级科研项目200多项，年均到账科研经费超7000万元；获得国家技术发明奖、国家技术进步奖各一项，获其他国家级、部省级科技成果奖10余项，获批新兽药证书10个，申请发明专利300余项，获授权国际发明专利13项、国家发明专利200余项；发表论文1000余篇，其中SCI论文800余篇，在Nature Microbiology、Nature Communications、Cell Reports、Advanced Science等顶级期刊发表论文20余篇。