现代动物医学实验教学中心所有实验室实行开放运行机制。中心实验室和部省级重点实验室全部对本科生开放。中心有健全的实验室开放制度和开放实验运行的保证体系。

制度保证：中心制定了一系列规章制度，实现了管理的规范化、科学化、网络化、人性化，各种制度都以学生为本，有利于发挥学生的积极性、主动性和创造性。

经费保证：学校每年拨一定的经费用于购买开放实验用试剂、玻璃仪器；学院设立大学生创新研究基金，每年资助10个左右的研究项目；每年有10多名学生获得“扬州大学创新工程”项目资助；中心每年资助20名左右本科生进行开放实验课题研究。

时间保证：中心所有实验室工作日早8点到晚9点及周末全天对学生开放。

服务保证：实验室开放时间内有教师或实验技术人员值班，提供指导和服务。

中心每年对各实验室进行一次考评，考评主要依据部、省实验室评估体系。对连续三年评为优秀实验室的有关人员在岗位津贴、职称晋升方面有所倾斜。

中心各实验室正、副主任和所有实验技术人员实行岗位聘任和岗位责任制，每年进行一次岗位业绩考评。对考评优秀人员予以奖励，对不能完成岗位职责表现较差的人员视情况给以批评和扣发一定数额的岗位津贴。

中心制定了切合实际的实验教学评价办法和质量保证体系。校、院和中心都成立了教学督导组，通过听课、问卷调查、座谈会等形式进行质量跟踪、控制与反馈。中心还经常通过学生评教等方式对实验教师教学质量进行调查，及时掌握实验教学中存在的问题。发现问题，立即整改，以保证实验课的教学质量。