自“七五”以来，有100余项成果分获国家、部、省、厅级奖励。在世界上率先发现小鹅瘟、兔瘟等病毒，并研制出疫苗；与中科院共同完成的“转基因山羊体细胞克隆山羊”成果被评为1999年中国基础研究十大新闻之首；“鸡传染性法氏囊病中等毒力活疫苗（NF8株）的研制”成果荣获国家科技进步二等奖、江苏省科技进步一等奖；“H9亚型低致病性禽流感疫苗”获江苏省科技进步一等奖；有3篇博士学位论文被评为全国百篇优秀博士学位论文，有多篇学位论文被评为江苏省优秀博士、硕士学位论文、全国兽医专业学位优秀硕士学位论文。目前，我院教师承担了国家863、973、国家科技攻关、国家自然科学基金、国家成果重点推广计划、中科院创新基金、科技部农业科技成果转化、省自然科学基金、省高技术研究、省应用基础研究以及横向合作研究等科研课题。学院在动物基因工程、动物病毒分子生物学等方面的研究达到了国际先进水平，并与美国、英国、法国、德国、澳大利亚、加拿大等国内外高等学校、科研机构建立了广泛的业务联系。

学院坚持走“产学研”相结合的道路。学院附设扬州大学生物制品研究开发中心、动物医院、江苏省实验动物种子供应站和江苏省转基因动物制药工程研究中心等教学、科研及成果转化基地。长期以来，始终坚持教学与生产相结合，理论与实践相结合，科研开发与服务社会相结合。自已故方定一教授在国际上第一个发现并分离出“小鹅瘟病毒”（比匈牙利早6年），研制成疫苗在全国推广应用之后；又先后发现“兔瘟和鹅副粘病毒病”等，并研制成疫苗在生产实际中推广使用，取得了很好的社会效益和经济效益。近几年来学院有6项成果获得新兽药证书。