本中心位于扬州市，扬州大学文汇路校区。在2004年，中心利用搬入新建的农牧大楼的契机，按学科组建了基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学三个实验教学平台，使实验教学适应社会对兽医人才的需求。目前，有实验教学用房 6000平方米，学生实验室、实验准备室、仪器室、试剂室与办公用房等配套齐全。近3年，中心借助江苏省优势学科、中央与地方共建高校实验室等经费2000余万元添置了一批先进仪器设备，加强了校内实习基地动物医院和实验动物中心的建设，使实验设施和实验环境达到国内先进水平，符合教育部有关要求。

扬州大学兽医学所属的一批优势学科和科研团队为中心建设和良好运行提供了一流的软件环境。预防兽医国家重点学科、兽医学一级学科博士学位点、兽医学省级重点一级学科点、江苏省产学研联合培养研究生示范基地、农业部畜禽传染病学重点开放实验室、江苏省动物预防医学重点开放实验室、江苏省人兽共患病学重点实验室、教育部新型疫苗工程研究中心、江苏省转基因动物制药工程研究中心、江苏省实验动物种子供应站等机构，为学生开展实验，特别是进行创新开放实验，提供了一流条件。校内的动物医院、实验动物中心、实验农牧场为学生实践训练，培养服务应用型人才提供了保障。

中心成立了创建安全领导小组和工作小组，确定安全责任人，层层签定安全责任状。制订了实验室安全隐患处理应急方案，邀请学校保卫部门技术人员进行安全知识讲座，组织实验室人员和学生进行灭火演练。实验室“三废”（废气、废液、废渣）备有收集桶，统一收集，集中处理。动物医学专业的教学实验和科学研究常以人畜共患病原体为对象，针对这一实际，学校成立了生物安全委员会，制定了相应的生物安全管理条例。同时，学校还建立了用于特殊病原体实验的P2和P3实验室，为学生从事相关实验提供了一流的设施。